|
|
Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Slavíček, David ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny.
|
|
|
Techniky mapování genomu k referenční sekvenci
Petrovský, Jan ; Sedlář, Karel (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá nástroji používanými pro mapování genomu k referenční sekvenci. V teoretické části jsou popsány aktuálně využívané sekvenační technologie, ať už první generace nebo nejnovější technologie třetí generace, přehled nástrojů používaných pro sestavování genomu de novo, používané přístupy a nástroje pro mapování k referenci, program ART a s ním související datové formáty. Praktická část sestává z vytvoření testovacího datasetu NGS dat, vytvoření metrik vhodných pro vyhodnocení kvality mapování a jejich následné použití na vybrané mapovací nástroje.
|
|
| |
|
|
Analysis of the dicyemid diversity using amplicon sequencing
FLEGROVÁ, Tereza
Using amplicon sequencing, this study reveals dicyemid diversity around the world as well as within individual cephalopod hosts. A wide number of samples of multiple species were collected to reflect true dicyemid diversity. Heterogeneity primers were designed in order to improve the sequencing performance of the Illumina platform. A complex bioinformatic pipeline was implemented to process non-overlapping reads. The species delimitation methods were used to categorize occurring dicyemid types. Using the output of implemented methods, dicyemid diversity was assessed, proposing new trends opposing the current methodology.
|
|
| |
|
| |
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
|
|
Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Slavíček, David ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny.
|
|
|
Techniky mapování genomu k referenční sekvenci
Petrovský, Jan ; Sedlář, Karel (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá nástroji používanými pro mapování genomu k referenční sekvenci. V teoretické části jsou popsány aktuálně využívané sekvenační technologie, ať už první generace nebo nejnovější technologie třetí generace, přehled nástrojů používaných pro sestavování genomu de novo, používané přístupy a nástroje pro mapování k referenci, program ART a s ním související datové formáty. Praktická část sestává z vytvoření testovacího datasetu NGS dat, vytvoření metrik vhodných pro vyhodnocení kvality mapování a jejich následné použití na vybrané mapovací nástroje.
|
|
|
Využití mikrobiálních komunit jako markeru podmínek v podzemních biotopech
Burkartová, Kateřina ; Falteisek, Lukáš (vedoucí práce) ; Drahota, Petr (oponent)
V současné době exponenciálně přibývá množství dat získaných barcodingem 16S rDNA bakterií a archeí v různých přirozených prostředích. Proto nabývá na důležitosti rozvoj metod, umožňujících z těchto dat získat smysluplné informace. V této práci byly pomocí sekvenace 16S rDNA analyzovány mikrobiální komunity ze vzorků vody, kalu a vrtného prachu ze tří geologicky dobře prozkoumaných sedimentárních akviferů v Českém masívu. Cílem bylo zjistit, jak je možné využít různé analýzy při interpretaci procesů v podzemní vodě. Mikrobiální komunity z akviferů s různými podmínkami byly charakterizovány třemi metodami: taxonomickým a metabolickým popisem nejhojnějších mikroorganismů v komunitě, ordinačními metodami zobrazujícími variabilitu metabolických skupin a taxonomických jednotek a metodou UniFrac, která ukazuje míru fylogenetické disimilarity mezi komunitami. Z výsledků těchto analýz vyplývá, že na jednotlivých lokalitách odpovídá posun ve složení mikrobiálních komunit vlivu různých složek v prostředí. Pomocí nepřímé ordinační analýzy zobrazující variabilitu metabolických skupin bylo zjištěno, že vzorky z kalu mají lepší výpovědní hodnotu o tom, jaké donory elektronů jsou mikrobiální komunitou využívány, než vzorky vody. Nepřímá ordinační analýza je pro mikrobiální komunity nepoužitelná, pokud jsou vzorky...
|
host ::
RSS.